Watch_Dogs 2 é ambientado na baía de São Francisco e se desenrola sob a pele de Marcus Holloway, um hacker que foi vítima dos algoritmos de previsão de crime do ctOS 2.0 e acusado injustamente de um delito que não cometeu. 

 

Agora, ele pretende desligar o sistema de uma vez por todas, e para isso deverá usar todo o seu conhecimento para invadir tanto a rede que controla a infraestrutura da cidade quanto os dispositivos de seus moradores, permitindo que ele tenha total poder sobre drones, carros, portas, câmeras de segurança e outros recursos. Durante a trama, Marcus passa a integrar o grupo coletivista de hackers DedSec